Как и в более ранних произведениях Гайдара, внешние и внутренние враги мировой революции вступают в «Военной тайне» со строителями «удивительно светлого дворца» социализма в борьбу не на жизнь, а на смерть. Чувство смутной тревоги охватывает читателя уже с самого первого предложения повести: «Из-за какой-то беды поезд два часа простоял на полустанке и пришел в Москву только в три с половиной» (там же: 133). Мы так и не узнаем, из-за чего опоздал поезд, однако само употребление слова «беда» уже в первом абзаце «Военной тайны» весьма симптоматично. 

Далее в повести Гайдар почти на каждой странице не дает читателю забыть о том, что малый мир детского коммунизма и большой советский мир в целом окружены вражеским кольцом, и враги все время пытаются прорваться через охраняемые границы советского мира.   
Чувство неослабевающей тревоги внушается читателю повести несколькими способами. Один из них – частое упоминание в «Военной тайне» о бойцах революции, погибших на Гражданской войне и по-прежнему погибающих или сидящих в тюрьмах в капиталистических странах.

Уже в зачине повести любовь Наткиного дяди к племяннице объясняется тем, что «крепко она напоминала ему старшую дочь, погибшую на фронте в те дни, когда он носился со своим отрядом по границам пылающей Бессарабии» (там же: 138). На этой же странице «Военной тайны» речь впервые заходит об Алькиной матери «еврейке-комсомолке» Марице Маргулис: «Присужденная к пяти годам каторги, она бежала, но через год была вновь схвачена и убита в суровых башнях кишиневской тюрьмы» (там же: 138–139). Коммунистка-сестра еще одного героя повести, Владика, уже долгие годы томится в тюрьме в Польше: «Сначала посадили ее – три года сидела. Потом выпустили – три года на воле была. Теперь опять посадили. И уже четыре года сидит» (там же: 153). Апофеоз пленений и смертей борцов за дело революции достигается в Алькиной «сказке про гордого Мальчиша-Кибальчиша, про измену, про твердое слово и про неразгаданную Военную Тайну» (там же: 184), причем виновниками этих смертей и пленений становятся как внешние враги советской республики (Главный Буржуин и его воинство), так и внутренние (Мальчиш-Плохиш). 

Но кроме целиком рассказанной сказки в повести Гайдара цитируются еще две песни, в которых тоже заходит речь о тюремном заключении (в первом случае) и гибели (во втором случае).

Первую песню поют на лесной полянке Алька и его отец, а Натка их невольно подслушивает: «Это была хорошая песня. Это была песня о заводах, которые восстали, об отрядах, которые, шагая в битву, смыкались все крепче и крепче, и о героях-товарищах, которые томились в тюрьмах и мучились в холодных застенках» (там же: 202). Гайдар близко к тексту пересказывает знаменитый «Гимн Коминтерна» (1929, муз. Ханца Эйслера, слова Франца Янке и Максима Валлентина; русский текст Ильи Френкеля 1931), третий куплет которого я здесь приведу:

Тему страданий «товарищей в тюрьмах» Гайдар в своем пересказе «Гимна Коминтерна», как видим, усиливает, употребляя глаголы «томились» и «мучились», которых нет в тексте Френкеля. Весьма парадоксально, а на самом деле, как мы увидим дальше, вполне закономерно выглядит реакция Натки на пение Алькой и Сергеем «Гимна»: «И странно: теперь, когда на пустой полянке смешной октябренок Алька, подергивая отца за рукав и покачивая в такт головой, звонко распевал эту замечательную песню, вдруг показалось Натке, что все хорошо и что работать ей весело» (Гайдар 1972: 202). Трагические строки о товарищах «в застенках холодных», казалось бы, плохо монтируются с любимым гайдаровским словом «весело», и автор «Военной тайны» специально обращает на это внимание читателя с помощью наречия «странно». Тем не менее, на Натку песня Альки и Сергея воздействует именно так. Важно, что ее реакция на трагические строки о тюрьмах контрастирует с восприятием Сергея, явно вспоминающего при исполнении третьего куплета погибшую жену:

Кроме «Гимна Коминтерна» в «Военной тайне» упоминается (и бегло цитируется) еще одна песня немецкого происхождения. Ее поют на общелагерном празднике пионеры: «Сразу же рассчитались, повернули направо и с дружной песней о юном барабанщике, слава о котором не умрет никогда, двинулись вниз» (там же: 211). Здесь подразумевается песня «Маленький барабанщик», чей текст был написан Михаилом Светловым в 1929 году и представлял собой вольное переложение немецкой песни 1925 года «Маленький трубач». Гайдара как автора «Военной тайны», скорее всего, привлекало в светловском тексте соединение мотивов смерти юного мальчика за дело коммунизма, улыбки, которая не сходит с его лица даже в момент гибели и памяти о мальчике, сохраненной благодаря песне:

Еще одним способом нагнетания тревоги в «Военной тайне» становятся упоминания о маневрах и учениях, которые ведутся Рабоче-крестьянской Красной армией, а также лейтмотивные вставки, рассказывающие об участии персонажей повести в Гражданской войне.

В одном из эпизодов повести Натка сначала слышит грохот советских военных кораблей, а потом видит их на морском горизонте, причем громыхание кораблей вызывает у нее неосознанную радость (провоцирует хороший сон), а лицезрение – осознанную:

Еще в одном эпизоде рассказывается о том, что пионеры, возвращаясь с купания, встречают танки: «Мы сегодня с купанья шли – глядим, четыре танка ползут. Интересно! Я скорей в библиотеку. Давай, думаю, сегодня, пока интересно, будем читать о танках» (там же: 179). И вот в общелагерном празднике уже участвуют модели танков, сделанные теми пионерами, которые недавно видели танки настоящие: «Потом как-то хитроумно проползли фанерные танки» (там же: 216).

Чтó касается персонажей повести – участников Гражданской войны, то уже на первых страницах «Военной тайны» появляется Наткин дядя – «крепкий старик с орденом» (там же: 134) Шегалов, с которым связывается важный для Гайдара мотив боевой сабли (вспомним любимую шашку героя из повести Гайдара «Всадники неприступных гор»): 

Вот однажды ты лег спать, а я и еще одна девочка – Верка – потихоньку вытащили твою саблю, спрятались за печку и рассматриваем. А мать увидала нас да хворостиной. Мы – реветь. Ты проснулся и спрашиваешь у матери: «Отчего это, Даша, девчонки ревут?» – «Да они, проклятые, твою саблю вытащили. Того гляди, сломают». А ты засмеялся: «Эх, Даша, плохая бы у меня была сабля, если бы ее такие девчонки сломать могли. Не трогай их, пусть смотрят» (там же: 134–135). 

В прошлом – подчиненным и боевым товарищем Шегалова в «Военной тайне» оказывается отец Альки Сергей; когда же он испытывает нужду в динамите для мирных, но «рифмующихся» с военными целей (обеспечение холодной родниковой водой пионеров лагеря), то обращается за содействием к бывшему комиссару своей дивизии Гитаевичу. Их встреча обставляется именно как встреча двух товарищей по оружию, и таким образом иллюстрируется один важных тезисов повести – деятельность в мирных условиях есть продолжение боевых действий за торжество коммунистических идеалов: 

Разумеется, Гайдар совершенно неслучайно делает отца Альки, в прошлом, боевого командира, именно инженером. Профессия инженера в сталинскую эпоху приобрела в Советском Союзе особый статус. В своей увлекательной монографии об этом Сюзанна Шаттенберг пишет:

Но все-таки не перечисленные персонажи предстают в повести Гайдара главными носителями темы и идеи войны. Буквально одержим ею в «Военной тайне» юный брат польской коммунистки-подпольщицы Владик, который с гордостью сообщает другу Тольке, что «на фронте родился» (там же: 152). Во время лагерного тихого часа Владик будит Тольку так: «– Вставай... вставай, Толька! Кругом измена! Все в плену. Командир убит... Помощник контужен. Я ранен четырежды, ты трижды. Держи знамя! Бросай бомбы! Трах-та-бабах! Отобьемся!..» (там же: 157). Любимое занятие Владика, стрельба в тире, в повести описывается так: «Когда Владик подходил к барьеру, лицо его чуть бледнело, серые глаза щурились, а когда он посылал пулю, губы вздрагивали и сжимались, как будто он бил не по мишени, а по скрытому за ней врагу» (там же: 244). Вместе со своим товарищем Владик часто предается мечтам о том, как они будут мстить врагам мировой революции, и кровожадность этих мечтаний отпугивает даже привычного к лихорадочным монологам товарища Тольку: 

Легко заметить, что логика Владика совпадает с логикой самого Гайдара, периода написания им повести «В дни поражений и побед» (имеющий обратную силу закон: «Коммунист может быть или у своих – живым, или у врагов – мертвым» (Гайдар 1925: 77)). Однако логика автора «Военной тайны» была уже несколько иной, если не по сути, то интонационно. Владик слишком насуплен, слишком мрачен, слишком мечтает о горе вражьих трупов, поэтому сомнения Тольки («Что-то уж очень много убили бы, Владик!») вполне оправданы. Гайдар же, напомню, как раз в тот период, когда выходило книжное издание «Военной тайны» в письме к Ивану Халтурину предлагал единомышленникам «посмеяться, похохотать», «хотя и не до истерики». Поэтому в «Военной тайне» такую большую роль играет наречие «весело» и его синонимы. Поэтому же ликвидация классового врага (от необходимости совершать которые Гайдар отнюдь не отказывается) изображается в повести чуть ли не как веселое развлечение и обрамляется вообще-то не характерными для писательской манеры Гайдара сентиментальными мотивами:

Неудивительно, что именно Владику чуть не досталась в повести роль блудного сына, как ранее она доставалась Дергачу из повести «На графских развалинах» и Петьке из повести «Дальние страны». Заигравшись в войну и таинственность, «озлобленный» (там же: 228) Владик временно отрывается от коммунистического детского коллектива и сообщает Сергею о происках вредителя Дягилева с большим запозданием. Тем не менее роль блудного сына Владику не досталась, а чуть не досталась, потому что в главном (неутихающая ненависть к классовым врагам) Владик прав с самого начала. Неслучайно именно о нем Натка думает на одной из финальных страниц «Военной тайны»: «…если когда-нибудь этот Владик по-настоящему вскинет винтовку, то ни пощады, ни промаха от него не будет» (там же: 255).

Напротив, стоило отцу Альки в разговоре с сыном только на секунду предаться благодушию: 

как его опровергает суровая действительность: Алька гибнет через несколько секунд после этого разговора, он не вырастет и мира без войны не увидит, следовательно, успокаиваться и надеяться на то, что враги советской власти исчезнут, не следует ни на секунду.